«Летающий цирк Монти Пайтона» включал в себя огромное количество инновационных техник и комедийных приёмов. Так, эпизоды шоу не начинались с титров: обычно им предшествовала долгая заставка, в которой человек в костюме бродяги или отшельника добирался до камеры, чтобы сказать «Это». В поздних эпизодах в заставке также стали постоянно появляться голый органист и Джон Клиз в роли диктора за столом. Иногда, помимо этого, там присутствовали другие микросюжеты; в нескольких сериях титры начинались только к середине эпизода. Заглавной темой шоу, звучащей во время титров, был военный марш «The Liberty Bell» (он был выбран благодаря запоминающейся мелодии и тому, что его запись находилась в публичном достоянии).

Помимо этого, для всех скетчей «Летающего цирка» было характерно отсутствие «коронной фразы» — финальной шутки, «венчающей» всё действие. В связи с тем, что у всех участников труппы всегда вызывала недовольство необходимость придумывать «ударную» концовку к скетчу, которая может его испортить, если не будет соответствовать уровню предшествующего, они решили просто от неё отказаться. Поэтому скетчи кончались самым абсурдным образом: к примеру, их останавливал полковник (в исполнении Чэпмена), которому они казались слишком глупыми, в них появлялся рыцарь (Гиллиам), ударявший персонажей по голове курицей, или появлялся Джон Клиз за столом, произносящий: «А сейчас нечто совершенно иное». Некоторые скетчи оканчивались тем, что персонажам «надоедало» или у них «заканчивались реплики по сценарию». Переходом между скетчами, как правило, служили сюрреалистические мультфильмы Гиллиама.