История фильма является приквелом к компьютерной игре Assassin’s Creed II. Сюжет фильма сфокусирован на отце центрального персонажа Assassin’s Creed II Джованни Аудиторе да Фиренце (Giovanni Auditore da Firenze).

Джованни — ассасин, живущий в эпоху Ренессанса в XV веке в Италии. На заре новой эры, некая коррумпированная семья готовит заговор с целью свержения могущественной семьи Медичи и уничтожении единой Италии. Как ассасин, Джованни должен противостоять этой угрозе и восстановить справедливость. Сюжет фильма представляет ситуацию до событий Assassin’s Creed II, но показывает врагов и окружение как главного героя фильма, так и его сына (главного героя Assassin’s Creed II).