В Африке заболели обезьяны. Эту новость сообщила доктору Айболиту мартышка Чичи, сбежавшая от разбойника Бармалея.

Айболит и его помощники — Чичи и собака Авва — спешат спасать обезьян от болезни. Но им пытается помешать Бармалей со своими слугами («Сейчас мы будем вас убивать, грабить, обижать и унижать!») Сначала они захватывают корабль доктора на море и кидают Айболита, Авву и Чичи в воду («Даже кругов на воде не осталось!»), но те доплывают до Африки («Это даже хорошо, что пока нам плохо»).

Потом, на африканской земле, разбойники снова ловят друзей и прячут в пещеру («Мы будем убивать их все вместе, всем достанется»), однако пленники сбегают.

Под конец слуги Бармалея по приказу атамана собирают всех местных пиратов на берегу реки («Вы им только скажите: не доктор, а золото, золотые руки, золотое сердце — они сразу так заведутся, что не остановишь»), и Айболит с друзьями попадают прямо во вражеский лагерь («Когда кругом бандиты и у вас нет оружия, постарайтесь хотя бы умереть достойно, а не как он [Бармалей]! Жаль только больных обезьян»).

В итоге добрый доктор всё же побеждает Бармалея («Мы всё равно победим, потому что добро побеждает зло»), правда, с помощью маленького комарика («Комар, мошка… а такие люди гибнут!»), и вылечивает обезьян.